1つのディレクトリに1000を越えるような多数のファイルを設置した場合、FTPでアクセスした際に一部のファイルが見られなくなる場合があります(ファイル自体は残っているためホームページとして閲覧することは可能です)。
サブディレクトリを作成してファイルを格納するようにしてください。